Εχθροί σέλινου
Ψύλλα
Το δίπτερο αυτό (Acidia heraclei) αποτελεί τον σημαντικότερο εχθρό του σέλινου. Τα ενήλικα άτομα αφήνουν τα αυγά του μέσα στα φύλλα. Οι προνύμφες ανοίγουν στοές και τρέφονται με το φύλλωμα. Για την αντιμετώπιση του εχθρού κάνουμε φθινοπωρινό όργωμα όπου έρχονται στην επιφάνεια του εδάφους οι διαχειζόμενες μορφές του εντόμου και εκτέθονται στους εχθρούς τους. Επιπλέον γίνεται αμειψισπορά και η χρησιμοποίηση κίτρινων κολλητικών παγίδων αποτελούν μέτρα για τη μείωση του πληθυσμού του έντομου.
Σιδηροσκώληκας
Ο σιδηροσκώληκας (Agriotes lineatus) προσβάλλει μέσω των νεαρών ατόμων που εισέρχονται στο εσωτερικό των ριζών το ριζικό σύστημα. Για την αντιμετώπιση του εχθρού αυτού, κάνουμε συχνά σκαλίσματα για να έρχονται οι σιδηροσκώληκες στην επιφάνεια του εδάφους. Η καλλιέργεια της μηδικής και του τριφυλλιού θεωρούνται ότι τα απωθούν αφού δρουν σαν φυσικοί εχθροί.
Νηματώδεις
Ο νηματώδης (Heterodera schachtii) προκαλεί εξογκώματα και παραμορφώσεις στις ρίζες των φυτών. Το καλό όργωμα και καλό λιάσιμο του εδάφους ώστε να εκτεθούν οι νηματώδεις σε δυσμενείς συνθήκες (καλοκαίρι), είναι ορισμένες ενέργειες που μπορούμε να κάνουμε ώστε να αντιμετωπίσουμε τους νηματώδεις. Επιπλέον μπορούμε να εφαρμόσουμε αύξηση της οργανικής ουσίας του εδάφους με προσθήκη κομπόστας, που αυξάνει τον αριθμό των ωφέλιμων νηματωδών και μυκήτων (αρπακτικών των βλαβερών νηματωδών). Επίσης πρέπει να γίνεται απολύμανση των εργαλείων και εφαρμογή της αμειψισποράς.