Επιβλαβής δράση μικροοργανισμών

Αρκετά είδη των περιγραφέντων οργανισμών προκαλούν ασθένειες στις καλλιέργειες και παράλληλα δρουν ανταγωνιστικά ως προς αυτές στην πρόσληψη θρεπτικών στοιχείων. Επιβλαβής επίσης δράση θεωρείται η απονιτροποίηση (αναγωγή νιτρικών και νιτρωδών σε αέριες μορφές αζώτου, οι οποίες φεύγουν προς την ατμόσφαιρα) καθώς και η παραγωγή τοξικών συστατικών, προϊόντων δηλαδή ατελούς αποσύνθεσης οργανικής ουσίας, τα οποία εμφανίζονται σε κακές εδαφικές συνθήκες.

Τα βακτήρια προκαλούν ασθένειες σε πολλά φυτικά είδη, αυτές οι ασθένειες είναι γνωστές με το γενικό όνομα βακτηριώσεις. Στο αμπέλι π.χ. βακτηριώσεις προκαλούνται κυρίως από τα βακτήρια Xanthomonas ampelina και Agrobacterium tumefaciens. Επιβλαβής θεωρείται και για τον άνθρωπο η δράση ορισμένων βακτηρίων, που υπάρχουν στα τρόφιμα (π.χ. σαλμονέλα).

Οι μύκητες προκαλούν περισσότερες ασθένειες στα φυτά και σε διάφορα είδη της πανίδας του εδάφους. Στα πρωτόζωα για παράδειγμα οι μύκητες εισέρχονται εντός τους (ανάπτυξη μυκηλίου) και αφού καταφέρουν να τα αδρανοποιήσουν τα χρησιμοποιούν ως τροφή. Στους επικίνδυνους μύκητες ανήκουν και τα δηλητηριώδη μανιτάρια. Η δυνατότητα αυτή, που έχουν οι μικροοργανισμοί του εδάφους, να δρουν δηλαδή αρνητικά και όχι μόνο θετικά, στη γεωργική χρήση μιας περιοχής, πρέπει να λαμβάνεται πάντα υπόψη, ώστε να δίνεται ιδιαίτερη προσοχή στην διαμόρφωση συνθηκών, που θα ενισχύσουν τον ωφέλιμο μόνο ρόλο.

Μερικοί βασικοί κανόνες που πρέπει να εφαρμόζονται για τον περιορισμό της εξάπλωσης της επιβλαβούς δράσης των μικροοργανισμών είναι η χρησιμοποίηση υγιών φυτωρίων και ποικιλιών ανθεκτικών σε μύκητες ή βακτήρια, που απαντώνται στην εξεταζόμενη περιοχή. Επιπλέον η απολύμανση καλλιεργητικών εργαλείων και λοιπών μέσων, που έρχονται σε επαφή με τα φυτά και το έδαφος, η αποφυγή μεταφοράς εδάφους με επιβλαβείς μικροοργανισμούς, η καταστροφή (κάψιμο) φυτικών μερών ή και ολόκληρων των φυτών που έχουν προσβληθεί από μύκητες και ο έλεγχος του νερού άρδευσης.