Υδροπονική καλλιέργεια σε γλάστρες ή φυτοδοχεία
Τα φυτοδοχεία που χρησιμοποιούνται για καλλιέργειες εκτός εδάφους συνήθως είναι κατασκευασμένα από πολυαιθυλένιο, πολυπροπυλένιο ή πολυστερίνη. Μερικοί παραγωγοί χρησιμοποιούν αυτοσχέδια φυτοδοχεία, όπως για παράδειγμα κοινά τελάρα επενδυμένα εσωτερικά με φύλλο μαλακού πλαστικού. Χρησιμοποιούνται διαφόρων διαστάσεων φυτοδοχεία, όπως πλαστικοί κυλινδρικοί σάκοι ανοιχτοί από πάνω, γλάστρες σχήματος κόλουρου κώνου, ορθογώνια πλαίσια, κ.λπ., από τα οποία τα πιο συνηθισμένα είναι οι γλάστρες διαφόρων διαστάσεων. Συνήθως σε κάθε γλάστρα φυτεύεται ένα φυτό αλλά σε ορισμένες καλλιέργειες, οι οποίες φυτεύονται πυκνά (π.χ. τριανταφυλλιά), είναι δυνατή η φύτευση δύο (και σπανιότερα τριών) φυτών ανά γλάστρα. Τα φυτοδοχεία πρέπει απαραίτητα να φέρουν οπές αποστράγγισης στον πυθμένα τους. Η καλλιέργεια σε φυτοδοχεία κατά κανόνα απαιτεί την χρήση κοκκωδών υποστρωμάτων, τα οποία αποτελούνται από ασύνδετα μεταξύ τους τεμαχίδια διαφόρων μεγεθών, όπως η ελαφρόπετρα, ο περλίτης, ο κόκος, κ.λπ. Εξαίρεση αποτελεί η περίπτωση της χρήσης επιμήκων φυτοδοχείων τα οποία χρησιμοποιούνται σαν πολλά μικρά κανάλια τοποθετημένα σε σειρά πάνω σε μία γραμμή φύτευσης και μπορούν να φιλοξενήσουν και υποστρώματα σε μορφή πλακών. Κατά κανόνα όμως, τέτοια συστήματα καλλιέργειας με πλάκες υποστρωμάτων που τοποθετούνται μέσα σε επιμήκη φυτοδοχεία δεν είναι λειτουργικά και επομένως σπάνια εφαρμόζονται στην πράξη.
Τα κοκκώδη υποστρώματα τοποθετούνται μέσα στα φυτοδοχεία σε ύψος που εξαρτάται τόσο από τα υδραυλικά χαρακτηριστικά των πρώτων όσο και από τις διαστάσεις των δεύτερων. Συχνά τα φυτοδοχεία τοποθετούνται μέσα σε υδρορροές, με στόχο την συλλογή και την μεταφορά των απορροών είτε εκτός θερμοκηπίου (ανοιχτά συστήματα) είτε πίσω στην κεφαλή υδρολίπανσης για επαναχρησιμοποίηση. Οι παραγωγοί που καλλιεργούν σε φυτοδοχεία αγοράζουν χύδην ένα κοκκώδες υπόστρωμα και με αυτό τα γεμίζουν. Επομένως, η καλλιέργεια σε φυτοδοχεία απαιτεί αρκετά εργατικά για το γέμισμά τους με υπόστρωμα. Προφανώς αυτό συνιστά ένα σημαντικό μειονέκτημα των συστημάτων καλλιέργειας σε φυτοδοχεία γεμισμένα με υπόστρωμα. Το μειονέκτημα αυτό αντισταθμίζεται μόνο όταν η αγορά του υποστρώματος σε χύδην μορφή έχει πολύ χαμηλότερο κόστος από την αγορά του ίδιου ή ενός παρεμφερούς υποστρώματος σε τυποποιημένη μορφή σε σάκους έτοιμους για φύτευση. Αυτό συμβαίνει κυρίως όταν κάποιο υπόστρωμα παράγεται ή εξορύσσεται τοπικά σε μία χώρα ή σε μία περιοχή και επομένως το κόστος μεταφοράς του σε χύδην μορφή μέχρι τον παραγωγό είναι πολύ χαμηλό.