Ασθένειες τριτικάλε
Εργωτίαση (ergot)
Η αρχική ευπάθεια στην εργωτίαση, η οποία προφανώς οφείλεται στο γονίωμα της σίκαλης, έχει μειωθεί αρκετά σήμερα με τη χρήση γενετικού υλικού που αυτογονιμοποιείται σε υψηλό βαθμό (κυρίως ποικιλιών σιταριού). Πάντως, κατά τον Zillinsky (1974), η γενετικής φύσης αντίσταση στην ασθένεια είναι περιορισμένη.
Πρόκειται για την ίδια ασθένεια που προσβάλλει και την καλλιέργεια της σίκαλης. Η ασθένεια αυτή προκαλείται από τον ασκομύκητα Claviceps purpurea (Fr.) Tul. Προσβάλλονται οι ταξιανθίες και σχηματίζονται σκληρώτια στη θέση των καρπών με αποτέλεσμα οι αποδόσεις να μειώνονται περίπου μέχρι 20%. Η παρουσία όμως των σκληρωτίων μαζί με τους υγιείς καρπούς και η κατανάλωσή τους από ζώα και ανθρώπους δημιουργεί μεγάλες διαταραχές, λόγω των αλκαλοειδών που περιέχουν. Αντιμετωπίζεται με χρήση πολλαπλασιαστικού υλικού χωρίς σκληρώτια, αμειψισπορές με ψυχανθή ή άλλα ανθεκτικά φυτά και βαθύ όργωμα μετά τη συγκομιδή για ενταφιασμό των σκληρωτίων σε βαθύτερα εδαφικά στρώματα και καταστροφή τους, δεδομένου ότι η βιωσιμότητά τους δεν ξεπερνά τον ένα χρόνο.
Σκωριάσεις
Η εξάπλωση της καλλιέργειας των τριτικάλε κατά τα τελευταία χρόνια προκάλεσε την εμφάνιση μολυσματικών στελεχών διαφόρων παθογόνων, με αποτέλεσμα να παρουσιασθούν ιδιαίτερα προβλήματα από ασθένειες, όπως η μαύρη σκωρίαση στην Αυστραλία και η κίτρινη σκωρίαση στην Αν. Αφρική και τη Ν. Αμερική. Οι σκωριάσεις είναι γνωστές ασθένειες των σιτηρών και μία απ' τις πιο καταστρεπτικές ασθένειες του σιταριού. Οι καταστροφές στην καλλιέργεια του σιταριού οφείλονται σε μειωμένη φωτοσυνθετική δραστηριότητα λόγω βλάβης των φωτοσυνθετικών ιστών, σε αυξημένες απώλειες νερού μέσω της καταστραμμένης επιδερμίδας του φυτού και στον παρασιτισμό του μήκυτα. Οι καρποί είναι παραμορφωμένοι και με μικρή περιεκτικότητα σε πρωτεΐνη.
Ελμινθοσπορίωση
Όπως και στην περίπτωση των σκωριάσεων, έτσι και με την Ελμινθοσπορίωση, η εξάπλωση της καλλιέργειας των τριτικάλε τα τελευταία χρόνια προκάλεσε την εμφάνιση μολυσματικών στελεχών διαφόρων παθογόνων με αποτέλεσμα να παρουσιαστεί ελμινθοσπορίωση στις υγρότερες περιοχές. Πρόκειται για την ίδια ασθένεια που προσβάλλει και άλλα σιτηρά, όπως για παράδειγμα την καλλιέργεια του σιταριού.
Έχουν δημιουργηθεί ποικιλίες ανθεκτικές όσο αφορά στο ωίδιο και τη σεπτορίωση.